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生產中常用的發酵劑微生物種類有酵母菌、霉菌和菌，它們在發酵過程中的作用各不相同。微生物作用所產生的代謝產物也影響著成品的特性，發酵劑的種類及其作用過程決定著發酵腸的最終品質。
常用的發酵劑微生物的種類有酵母菌、霉菌和菌。這些微生物對發酵腸的色澤、風味的形成以及衛生品質起著極其重要的作用。目前， 最常用的是植物菌、戊糖片球菌、清酒乳菌等乳酸菌。
但是，非致病性葡萄球菌和微球菌常與乳酸菌一起用于發酵腸的生產。這類菌主要與香腸的風味和色澤有關，被稱為發酵腸中的“風味”菌。通常用的發酵劑菌種是保加利亞乳菌和嗜熱鏈球菌混合發酵劑。2種菌株的混合比例對發酵腸的風味和品質起重要作用，常用比例是1：1或1：2。
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